申请第三方支付牌照的流程如下：
申请人需要准备相关资料，这些资料应参考《非金融机构管理办法》实施细则四十二条的规定。具体所需材料可能包括：
公司营业执照（副本）复印件，并加盖申请人的公章。
公司章程、公章、注册实缴资本（银行凭证）。
直接申请人占50%以上股份的证明文件。
五名以上金融/支付行业高级管理人员的资质证明。
10%以上持股人的无犯罪记录证明及财务审计报告，显示公司最近两年盈利。
将准备好的申请资料递交给当地中国人民银行中心支行。当地中心支行会进行审核，并提出修改意见。
申请人需要确保所申请的业务类型通过系统检测认证。
材料提交无意见后，当地人民银行支付结算处、科技处、反洗钱处联合到申请机构进行实地检查，并提出实地检查中存在的问题和整改意见。
申请机构根据实地检查的整改意见进行整改，并在规定时间内完成整改。
整改无误后，当地中心支行将开具受理通知书，并在中国人民银行官方网站的行政许可栏目进行公示。
公示后，材料由当地中心支行提交到中国人民银行总行进行最终审核。
总行审核通过后，将选择时间发放第三方支付牌照。
建议
提前规划：申请第三方支付牌照是一个复杂的过程，需要提前规划并准备好所有必要的文件和资料。
专业咨询：在申请过程中，建议咨询专业的法律或财务顾问，以确保所有材料符合监管要求。
持续沟通：与当地人民银行支行和总行保持密切沟通，及时响应审核过程中提出的问题和整改要求。